Phi Long Tại Thiên là tựa game lấy bối cảnh thời Nguyên những năm khoảng giữa thế kỷ thứ 14. Khi đó Trương Vô Kỵ sau khi giải cứu võ lâm khỏi âm mưu thao túng của Thành Côn, chấn hưng Minh Giáo đã trao lại binh quyền chuyen la co that cho Chu Nguyên Chương rồi cùng Triệu Mẫn quy ẩn giang hồ. Từ khi lên nắm giữ binh quyền, dã tâm của Chu Nguyên Chương không ngừng lớn mạnh. Dựa vào uy danh Minh Giáo, Chu Nguyên Chương xuất quân Bắc phạt đánh chiếm Sơn Đông. Từ đây quân đội của y không ngừng bành trướng thế lực. Trải qua trăm trận lớn nhỏ, đánh Đông dẹp Bắc cuối cùng Chu Nguyên Chương xưng Đế lập ra triều Minh.
Trong bối cảnh loạn lạc ấy, thiên hạ bỗng xuất hiện tin đồn về một bộ võ công tâm pháp có thể dung hòa, nâng cao tất cả các bí kíp võ công trấn phái của hầu hết các môn phái trên võ lâm, kẻ sở hữu có thể trở thành vô địch thiên hạ, xưng bá giang hồ. Chìa khóa để đến với bộ võ lâm tâm pháp ấy được lưu giữ trong Lục Đại Bí Kíp trấn phái của Ngũ Đại Phái lúc bấy giờ, bao gồm: Phổ Độ Chúng Sinh, Cửu Âm Chân Kinh, Quỳ Hoa Bảo Điển, Tịch Tà Kiếm Phổ, Độc Cô Cửu Kiếm, Giáng Long Thập Bát Chưởng. Tuy nhiên lien quan mobile những bí kíp này đã bị thất lạc từ rất lâu nên võ lâm thường gọi chúng là võ lâm mật tịch. Hàng chục năm mới có tin tức về một mảnh mật tịch xuất hiện nên có thể nói thu thập được đủ 6 mật tịch này còn khó hơn mò kim đáy biển. Tuy nhiên với bản chất dã tâm của mình, Chu Nguyên Chương đã không ngừng tàn sát võ lâm, càn quét tất cả các môn phái hòng tìm ra chúng.
